6 октября 1973 года, когда благодаря подготовленному при участии Мубарака мощному удару с воздуха египетская армия смогла форсировать Суэцкий канал и взять штурмом израильские укрепления на его восточном берегу, известные под названием «Линия Барлева». Несмотря на неудачный для египтян дальнейший ход военной кампании, Октябрьская война явилась своеобразным водоразделом в современной истории Ближнего Востока. Она развеяла миф о непобедимости Израиля, бытовавший в отношениях между этими двумя странами, и открыла путь к миру.

В те годы курсанты, встававшие в 5.30 утра, обнаруживали, что их начальник уже начал свой рабочий день. Мубарак считал своим долгом лично участвовать не только в специальной военной, но и физической подготовке. Вставая раньше всех, он был в академии последним, кто засыпал ночью. До предела интенсифицировав процесс обучения, X. Мубарак в рекордно короткий срок — всего за полтора года — подготовил пять выпусков военных летчиков, в которых так нуждался Египет.

В январе 1959 года X. Мубарак покидает академию, чтобы принять командование эскадрильей самолетов типа Ил-28, а позже бригадой реактивных бомбардировщиков Ту-16. В это время он совершает неоднократные поездки в СССР, связанные с получением новых советских боевых самолетов. С февраля 1964 по апрель 1965 года X. Мубарак проходит учебу на Высших курсах Академии имени Фрунзе. По возвращении из Советского Союза он назначается командующим ряда военно-воздушных баз.

Несколько лет спустя, когда брат тогдашнего вице-президента Анвара Садата — Атеф Садат поступил в академию, его обучение было также поручено X. Мубараку. Известно, что Мубарак держался с Атефом особенно сурово, чтобы тот усвоил, что в военно-воздушной академии нет места фаворитам.